La Secretaría Académica colabora con el Titular del Instituto para propiciar políticas y actividades orientadas al desarrollo académico y la investigación científica, con el fin de cumplir con la misión y funciones encomendadas a la institución.
Es también responsable de coordinar y supervisar los trámites académicos y evaluaciones del personal académico, así como de brindar apoyo a la Dirección en el quehacer académico del Instituto, incluyendo el mantenimiento y procesamiento de las bases de datos de los investigadores y técnicos académicos y la coordinación de la Unidad de Cómputo y Biblioteca en todas sus sedes.